Les premiers habitants du Kirghizistan actuel étaient des tribus guerrières de Sakas (aussi connus sous le nom de Scythes), qui occupèrent le pays du VIe siècle av. J.-C. au Ve siècle de notre ère. Ce fut sans doute chez eux qu'Alexandre le Grand rencontra la plus grande résistance à son avancée en Asie centrale au cours du IVe siècle av. J.-C. De riches reliques en bronze et en or ont été découvertes sur des sites scythes au lac Yssyk-Köl et dans le sud du Kazakhstan.
Du VIe au Xe siècle, la région était sous le contrôle de diverses alliances turques, avec une population importante installée sur les rives du lac Yssyk-Köl. En 751, le Kirghizistan fut la scène d'une bataille clé de l'histoire, lorsque les Turcs, associés aux Arabes et aux Tibétains, parvinrent à chasser d'Asie centrale la puissante armée chinoise des Tang. Les ancêtres des Kirghiz actuels vécurent sans doute en Sibérie, dans le haut du bassin du Ienisseï, jusqu'au Xe siècle, où suite aux nombreuses invasions mongoles, ils commencèrent à migrer vers le sud, dans le Tian Shan (un mouvement qui s'accéléra encore avec l'arrivée de Gengis Khan, au XIIIe siècle). Le Kirghizistan actuel faisait partie de l'héritage du second fils de Gengis Khan, Chagatai.
En 1685, la paix fut brisée avec l'arrivée des impitoyables Mongols Oirats de Dzoungarie, qui amenèrent de nombreux Kirghiz à fuir vers le sud, dans le Tadjikistan actuel. Suite à la défaite des Oirats face aux Mandchous (Qing), les Kirghiz devinrent de facto sujets des Chinois mais, dans l'ensemble, ces derniers les laissèrent à leur vie de nomades. Au XVIIIe
siècle, les tentacules féodales du khanat de Kokand commencèrent à menacer les tribus kirghizes, mais ces dernières leurs résistèrent farouchement depuis leurs redoutes du Tian Shan. Voyant les Russes se rapprocher, plusieurs chefs kirghiz conclurent au XIXe siècle leurs propres accords de paix avec Kokand ou la Russie. Petit à petit, les forces russes
finirent par marcher sur la ville de Kokand, remportant une victoire décisive à Tachkent en 1865. Les Kirghiz, pour leur part, furent graduellement intégrés aux provinces tsaristes de Ferghana et Semireche.
La redistribution des terres aux colons russes ne rencontra tout d'abord pas beaucoup de résistance de la part des Kirghiz, cependant en 1916, éclata une révolte qui fut sauvagement réprimée par l'armée russe. En 1918, les terres kirghizes furent rattachées à la République socialiste soviétique autonome du Turkestan avant d'être elles-mêmes érigées en région autonome des Kara-Kirghiz en 1924 pour, finalement, recevoir le statut de république fédérée en 1936. Les réformes territoriales des années 1920 avaient entraîné la sédentarisation de nombreux nomades. Ce mouvement fut encore renforcé dans les années 1930, suite à une terrible campagne de collectivisation.
Malgré la majorité conservatrice à la tête du Kirghizistan lors de la perestroïka de Mikhaïl Gorbatchev, un mouvement en faveur de réformes sociales vit le jour, certains activistes allant même jusqu'à s'emparer des terres inexploitées pour y construire des logements. Ce furent d'ailleurs des questions de terre et de logements qui furent à l'origine des pires
violences "ethniques" qui eurent lieu en Asie centrale entre Ouzbeks et Kirghiz, en 1990, dans les environs d'Och. En février 1990, les élections organisées au Soviet suprême kirghiz virent, bien entendu, la victoire écrasante du parti communiste kirghiz (KCP), qui remporta la presque totalité des sièges. Après plusieurs scrutins, ce fut un physicien, Askar
Akaev, qui, dans un souci d'ouverture, fut nommé président.
Réformateur obstiné, Akaev entreprit la restructuration de l'appareil exécutif afin qu'il corresponde à son attitude libérale et mit en place des réformes considérées comme les plus radicales effectuées à ce jour dans une république d'Asie centrale.
En août 1991, le Soviet suprême kirghiz vota à regret l'indépendance du Kirghizistan. Six semaines plus tard, Akaev, sans concurrent, fut réélu président. À la fin de l'année, le Kirghizistan rejoignit la Communauté des États indépendants (C. E. I. ). En mai 1993, une nouvelle Constitution sonna la fin des derniers vestiges institutionnels de l'ère soviétique et, lors du référendum de 1994 et des élections de début 1995, Akaev et son programme économique remportèrent un large soutien.
L'année suivante, le Kirghizistan signa un accord de non-agression avec la Russie, la Chine, le Kazakhstan et le Tadjikistan.
Après les élections législatives des 27 février et 13 mars 2005, dont les résultats sont contestés par l'opposition, des manifestations ont lieues pour réclamer la démission du chef de l'Etat. Le 24 mars, Askar Akaïev, à la tête de la république du Kirghizstan depuis l'indépendance du pays, en 1991, est renversé en une journée et se réfugie à Moscou. Le peuple porte l'un de ses anciens premiers ministres, Kourmanbek Bakiev, au poste de président par intérim. L'homme promet notamment de mettre fin à la corruption qui gangrène le pays depuis de nombreuses années. Il sera élu le 10 juillet avec 88,92% des voix.
2006 - L'opposition organise de nombreuses manifestations afin d'obtenir une réforme constitutionnelle qui réduirait les pouvoirs du président. Après une victoire de courte durée, une crise institutionnelle permet à celui-ci de retrouver son statut initial.
2007 - Le 29 janvier, Azim Issabekov, ancien ministre de l’agriculture, est nommé Premier ministre.
2009 - Malgré les accusations de fraude électorale et de censure des médias, Bakiev est réélu président en juillet.
2010 - Les 6 et 7 avril, à Talas et à Bichkek, une manifestation antigouvernementale tourne à l’émeute. Les forces de l’ordre sont dépassées, et les manifestants prennent d’assaut les bâtiments gouvernementaux. Au final, les émeutes font 88 morts et plus de 500 blessés. Bakiev s’enfuit, et l’opposition kirghize met en place un gouvernement intérimaire dirigé par Roza Otounbaïeva. Le 19 mai, des tensions éclatent dans une université privée de Jalal-Abad, où les violences entre Ouzbeks et Kirghiz font 2 morts et d’innombrables blessés. Le 9 juin, les tensions interethniques embrasent les rues d’Och et de nouveau celles de Jalal-Abad. Après cinq jours d’émeutes, on recense près de 200 morts et quelque 200 000 déplacés, principalement des femmes, des enfants et des personnes âgées. L’Ouzbékistan autorise la moitié de ces réfugiés à franchir ses frontières avant de les fermer. Le gouvernement intérimaire de Bichkek, perd le contrôle d’Och et réclame l’aide de la communauté internationale. Les violences se sont tues, mais la situation reste tendue, et des milliers de réfugiés cherchent encore asile à la frontière.
